Pokémon o Filme: Mewtwo Contra-Ataca foi lançado no ano de 1998 e tinha Mewtwo, o Pokémon mais forte do mundo, como estrela. Nesse filme, Mewtwo reúne Ash e os treinadores mais fortes do mundo para um torneio que seria realizado numa ilha distante. Lá, ele revela que quer eliminar os humanos e Pokémon do mundo a fim de povoá-lo com clones como ele. O confronto entre Pokémon e clones se intensifica com a intromissão de Ash no plano de Mewtwo e a chegada de Mew, Pokémon que quem Mewtwo foi criado. No fim, quando Ash é transformado em pedra e os clones e Pokémon no local o trazem de volta, Mewtwo se arrepende do que estava fazendo, leva todos os clones embora, apaga a memória de todos no local e vai embora com Mew.
Vamos analisar alguns pontos do filme no anime e vice-versa a fim de descobrir se ele faz parte da cronologia do anime.
Ash e Charizard
Sabemos toda a história do Charizard do Ash, e que na primeira temporada ele não o obedecia. Nesse filme acontece a mesma coisa. Ash libera Charizard para lutar contra o Charizard de Mewtwo e ele o ignora, lutando por querer. Em nenhum momento do filme Ash conseguiu fazer Charizard obedecê-lo.